Obwohl JabRef in erster Linie ein Programm mit grafischer Benutzeroberfläche ist, bietet es einige nützliche Optionen für die Kommandozeile und kann sogar Dateikonvertierungen durchführen, ohne die grafische Benutzeroberfläche zu öffnen.
Sie können eine oder mehrere BibTeX-Dateien laden,
    indem Sie auf der Kommandozeile die entsprechenden Dateinamen
    auflisten. Achten Sie darauf, alle gewünschten Optionen
    anzugeben, bevor Sie die Dateinamen anfügen.
    Außerdem müssen Sie sich vergewissern, dass der
    erste Dateiname nicht als Argument einer Option missverstanden
    werden kann - falls eine Bool'sche Option wie
    -n oder -l direkt vor einem
    Dateinamen steht, müssen Sie also "true" als Argument
    angeben. Das Beispielkommando:
jabref -o filetoexport.xml,docbook -n true
    original.bib
lädt die Datei original.bib, exportiert
    sie in das Docbook-Format, speichert sie unter dem Namen
    filetoexport.xml und unterdrückt das Laden
    der grafischen Oberfläche. Das Word true
    verhindert, dass der Dateiname als Argument der Option
    -n interpretiert wird.
Diese Option veranlasst JabRef, eine Zusammenfassung der Kommandozeilen-Optionen anzuzeigen und das Programm unmittelbar darauf zu schließen.
Diese Option unterdrückt sowohl das JabRef-Fenster als auch den Eröffnungsbildschirm, der normalerweise beim Programmstart angezeigt wird. Das Programm wird beendet, sobald die Kommandozeilen-Optionen abgearbeitet wurden.
Diese Option ist nützlich, um Dateikonvertierungen von der Kommandozeile oder mit Hilfe eines Scripts durchzuführen.
Diese Option veranlasst JabRef, eine gespeicherte Sitzung zu laden, sofern eine vorhanden ist, bevor sich das Hauptfenster öffnet.
Bei dieser Option importiert oder lädt JabRef eine bestimmte
    Datei. Wenn nur ein Dateiname angegeben wird oder ein Komma und
    ein *-Zeichen hinter dem Dateinamen stehen, versucht JabRef,
    das Dateiformat automatisch zu erkennen. Das sollte bei allen
    BibTeX-Dateien ebenso funktionieren wie bei Dateien, die in
    einem der von JabRef unterstützten Importformate
    vorliegen. Wenn dem Dateinamen ein Komma und ein Importformat
    folgen, wird der angegebene Importfilter benutzt. Mit der
    Option -h können Sie sich eine Liste der
    verfügbaren Importformate anzeigen lassen.
Wenn Sie zusätzlich eine Export-Option angeben, wird
    der Import immer zuerst ausgeführt, bevor die importierte
    oder geladene Datei an den Exportfilter übergeben wird.
    Falls die grafische Oberfläche nicht mit der Option
    -n unterdrückt wird, werden alle geladenen
    oder importierten Dateien im Hauptfenster von JabRef
    angezeigt.
Die Option -i kann nur einmal angegeben werden
    und nimmt als Argument maximal eine Datei.
Diese Option veranlasst JabRef, eine Datei zu speichern oder zu
    exportieren, die von derselben Kommandozeile geladen oder
    importiert wurde. Wenn eine Datei mit der Option
    -i importiert wurde, wird diese Datei exportiert.
    Ansonsten wird die Datei exportiert, die
    zuletzt - ohne die Option -i -
    angegeben (und erfolgreich geladen) wurde.
Wird nur ein Dateiname angegeben, so wird diese Datei im BibTeX-Format gespeichert. Wenn dem Dateinamen ein Komma und ein Exportformat folgen, wird der angegebene Exportfilter benutzt. Auf diese Weise wird auch ein benutzerdefinierter Exportfilter angewendet; wenn der Name sowohl auf einen Standard-Exportfilter, als auch auf einen benutzerdefinierten Exportfilter zutrifft, wird der benutzerdefinierte verwendet.
Mit der Option -h können Sie sich eine
    Liste der verfügbaren Exportformate anzeigen lassen.
Falls die Option -n nicht aufgerufen wurde,
    wird jeder Exportvorgang durchgeführt, bevor das
    JabRef-Fenster geöffnet wird. Dort werden dann die
    importierten Dateien angezeigt.
Die Option -o kann nur einmal angegeben werden
    und nimmt als Argument maximal eine Datei.
Mit dieser Option können Sie JabRef veranlassen, alle Benutzer-Einstellungen in eine XML-Datei zu speichern. Nach dem Export startet JabRef normal.
Mit dieser Option importiert JabRef Benutzer-Einstellungen, die mit der
    Option -x exportiert wurden. Nach dem Import
    startet JabRef normal.
Manchmal ist es nützlich, eine BibTeX-Datei zu haben, die nur die benutzten Einträge enthält. Eine Liste dieser benutzten Einträge findet sich in einer .aux-Datei (sobald Sie LaTeX aufgerufen haben). JabRef kann diese Datei analysieren, um eine neue BibTeX-Datei zu erstellen, die nur die bekannten und benutzten Einträge enthält. Das bedeutet, dass ein Eintrag, der in der Standard-BibTeX-Datei nicht definiert ist, auch nicht in die neue Datei geschrieben werden kann.
Die Fetcher, also die direkte Suche in Online-Datenbanken,
	die Sie im Menü Internet finden, können auch von der Kommandozeile
    aus gestartet werden. Nutzen Sie dazu die Option --fetch und geben
    sowohl den Namen des Fetchers (z.B. 'ieee', 'medline' oder 'jstor')
    als auch den Suchausdruck oder die ID des gesuchten Mediums an. Beachten
    Sie, dass einige Fetcher eine graphische Oberfläche (GUI) anzeigen,
    falls Sie eine Rückmeldung von Ihnen brauchen. Um eine Übersicht der
    verfügbaren Fetcher zu erhalten, geben Sie --fetch ohne
    Parameter ein.