JabRef kann Dateien so exportieren, dass EndNote sie lesen kann. Um diese Funktion zu nutzen, wählen Sie Datei -> Exportieren, wählen als Dateityp Endnote (txt) und dann den Namen der Export-Datei.
Der Standard-EndNote-Importfilter kann nicht richtig mit mehreren Autoren oder Editoren umgehen. Es gibt zwei Möglichkeiten, um diese Schwierigkeit zu umgehen:
Der EndNote Exportfilter ordnet BibTeX-Eintragstypen folgenden EndNote-Referenztypen zu:
BibTeX-Eintragstyp -> Endnote Referenztyp ------------------------------------------ misc, other -> Generic unpublished -> Manuscript manual -> Computer Program article -> Journal Article book -> Book booklet -> Personal Communication inbook,incollection -> Book Section inproceedings -> Conference Proceedings techreport -> Report mastersthesis, phdthesis -> Thesis
In der Standardeinstellung geht der Exportfilter davon aus, dass Einträge in den Feldern author oder editor, die geklammert sind, mehrere Autoren enthalten und ersetzt die Klammern durch ein angehängtes Komma. Dadurch werden Einträge, die LaTeX-Befehle mit Klammern enthalten, als Eintrag mit mehreren Autoren gewertet und demzufolge unpassend formatiert.
Der vorgegebene EndNote-Importfilter kann das Feld author nicht
    richtig analysieren. Der EndNote Import from JabRef Filter kann
    dies. Außerdem erkennt dieser Filter ein Feld
    endnotereftype, das die vorgegebene Zuordnung
    überschreibt. Um den Filter zu installieren, extrahieren
    Sie die EndNote Extras (Extras -> EndNote Filter-Set
    entpacken) und entpacken die Zip-Datei, die dabei erstellt
    wird. Dann folgen Sie den Angaben in der Datei
    readme.txt.
Einige Felder,
    die von BibTeX genutzt werden, gehören nicht zu EndNotes
    vorgegebenen Referenztypen. Während der Import in JabRef
    und der Export nach JabRef ohne ein Ändern der
    Referenztypen funktioniert, werden die Feldnamen in EndNote
    nicht korrekt dargestellt (z.B. wird das pdf-Feld Custom
    1 heißen statt pdf). Darüber hinaus
    können diese Felder bei neuen Einträgen in EndNote
    nicht genutzt werden, weil sie nicht im Eintragsdialog
    erscheinen. Um die EndNote-Referenztypen anzupassen,
    müssen Sie die EndNote Extras extrahieren und den
    Anweisungen in der Datei readme.txt folgen.
EndNote hat einen Export-Stil
    BibTeX, der allerdings nicht alle Eintragstypen und Felder von
    BibTeX und auch nicht die zusätzlich von JabRef genutzten
    Allgemeinen Felder (pdf, owner, key usw.)
    unterstützt. Falls Sie diese Felder nutzen wollen,
    extrahieren Sie die EndNote Extras (Extras -> EndNote
    Filter-Set entpacken) und folgen den Anweisungen in der
    Datei readme.txt.